春に地下茎からツクシという胞子茎（または胞子穂、胞子体）を出し、胞子を放出する。薄茶色で、「袴（はかま）」と呼ばれる茶色で輪状の葉が茎を取り巻いている。丈は10 - 15cm程度である。
ツクシ成長後に、それとは全く外見の異なる栄養茎を伸ばす。栄養茎は茎と葉からなり、光合成を行う。鮮やかな緑色で丈は10 - 40cm程度。主軸の節ごとに関節のある緑色の棒状の葉を輪生させる。上の節ほどその葉が短いのが、全体を見るとスギの樹形に似て見える。
なお、ツクシの穂を放置すると、緑色を帯びたほこりの様なものがたくさん出て来る。これが、胞子である。顕微鏡下で見ると、胞子は球形で、2本の紐（4本に見えるが実際は2本）が1ヵ所から四方に伸びている。これを弾糸という。この弾糸は湿ると胞子に巻き付き、乾燥すると伸びる。この動きによって胞子の散布に預かる。顕微鏡下で観察しながら、そっと息を吹きかけると、瞬時にその形が変化するのをみることが出来る。